Nous rapportons ici un article qui résume les possibilités de contamination de l’eshiricia coli: Sur la piste d’Eshériacia  coli en Allemagne: une enquête difficile à mener

Les graines germées sont désignées comme la source de l’épidémie à E.coli en Allemagne, bien que la bactérie n’ait pas été retrouvée à la ferme qui produisait ces graines.

Aura-t-on un jour le fin mot de l’histoire ? Pas sûr. Lors de précédentes épidémies à E. coli beaucoup de questions sont restées sans réponse.

Des échantillons de graines germées (haricots mungo, alfafa..) testés en Allemagne pour trouver la source de l’infection à E.coli O104:H4. (IPON-BONESS/Sipa)

Les graines germées sont désignées avec certitude par les autorités sanitaires allemandes comme la source de la toxi-infection alimentaire qui secoue l’Allemagne depuis le mois de mai. Pourtant, le président de l’Institut Robert Koch, Reinhard Burger, a précisé que les souches incriminées d’Escherichia coli n’ont pas été retrouvées dans la ferme biologique de Gärtnerhof, à Bienenbüttel (Basse-Saxe), malgré les analyses réalisées. Aujourd’hui c’est l’enquête épidémiologique qui permet de remonter à la source.

Les chercheurs allemands en charge de l’enquête ont interrogé des groupes de patients touchés par la toxi-infection à E.coli. Ils les ont interrogés sur leurs repas dans les jours précédents le début des symptômes. Ils ont passé au peigne fin les menus des restaurants. C’est ainsi qu’a été établi un lien entre plusieurs groupes de patients ayant consommé dans 26 restaurants et cafétérias différents des graines germées provenant de la même ferme, en Basse-Saxe.

Pousses de radis au Japon

Un scénario qui rappelle celui qui s’est déroulé au Japon, en 1996 : entre mai et décembre près de 10.000 cas d’infection à E. coli (O157 :H7) avaient été relevés au cours de plusieurs épisodes infectieux. L’un de ces épisodes concernait 6.000 écoliers de la ville de Sakai. L’enquête a montré que les infections étaient liées à la consommation de radis blanc, des pousses de radis qui venaient toutes du même producteur. Cependant aucune souche d’E. coli n’a jamais été mise en évidence chez l’exploitant que ce soit dans l’eau d’arrosage, les engrais ou les graines et les germes.

De fait, le temps que les enquêteurs parviennent jusqu’à la source, les aliments contaminés ont généralement disparus depuis longtemps. Particulièrement lorsqu’il s’agit de légumes frais, rapidement périssables et pour lesquels il n’y a pas de système de traçabilité comme pour la viande. «Quand la bactérie est trouvée dans des steaks, comme lors des premières épidémies dues à E.coli O157:H7 en 1982, aux Etats-Unis, il est plus facile de remonter la piste », remarque Christine Martin, directrice de recherche à l’Inra (unité de microbiologie de Clermont-Ferrand). La bactérie survivant à la congélation, il est même possible de remonter jusqu’aux lots de steak congelés.

Trouver la bonne souche

En Allemagne, des concombres espagnols ont d’abord été désignés à tort comme responsables : des bactéries E. coli avaient été retrouvées sur des concombres mais il s’est avéré ensuite que ce n’était pas la même souche. « Il faut retrouver exactement la même souche pour identifier la source et ce n’est pas facile » commente la microbiologiste de l’Inra. « Au départ on cherche la présence des shiga-toxines, caractéristiques de ces bactéries entéro-hémorragiques, ensuite on peut chercher l’antigène qui caractérise la souche (comme O104 ou O157). Dans le cas présent on s’est trouvé face à une souche rare et on ne connaissait pas bien son antigène ». En parallèle du séquençage de la souche isolée chez les patients, un test de détection rapide a été mis au point pour faciliter le travail des médecins et des enquêteurs.

Même dans les cas où l’aliment contaminé est dûment identifié, analyses microbiologiques à l’appui, expliquer comment il a été contaminé par la bactérie est encore une autre affaire. « Ces bactéries EHEC ne sont pas présentes en grandes quantités dans l’environnement. Les hypothèses les plus plausibles pour les végétaux sont la contamination par l’eau d’arrosage ou l’épandage de fumier» analyse Christine Martin. Ce dernier cas n’a jamais été établi au cours d’une épidémie à ECEH.

Epinards, ruminants et sangliers

Aux Etats-Unis, des épinards en sachets ont provoqué une toxi-infection en 2006. Ils provenaient d’une exploitation californienne. La bactérie a été retrouvée à la source ainsi que chez les ruminants d’un ranch voisin et chez des sangliers. Cependant, les chemins empruntés par la bactérie pour passer des ruminants aux épinards n’ont jamais été totalement élucidés. Les sangliers ont peut-être servis de vecteurs en contaminant par leurs excréments les champs ou l’eau servant à l’irrigation (voir l’étude de Jay et alii).

«Il y a aussi des personnes qui sont porteurs sains de la bactérie et qui peuvent contaminer la chaîne, n’importe où entre la fourche et la fourchette » ajoute la spécialiste de l’Inra. Des contrôles permettent de détecter les E. coli sur le lait ou le fromage mais rien de tel n’est mené sur les cultures maraîchères. Quoi qu’il en soit les cas de toxi-infections par ECEH dus à des végétaux restent rares. «Les études de prévalence montrent qu’on trouve peu de souches pathogènes d’ECEH chez les bovins en France et en Europe continentale, explique Christine Martin; la prévalence est plus élevée aux Etats-Unis, pour une raison inconnue».